馮思謙 教授 博士生導(dǎo)師

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辦公地點(diǎn)：南京市四牌樓2號(hào)，微波樓109室

2004年獲得上海交通大學(xué)生物工程學(xué)士學(xué)位，2011年獲得美國(guó)馬里蘭大學(xué)College Park分校分子細(xì)胞生物學(xué)博士學(xué)位。從2012年7月起在美國(guó)哥倫比亞大學(xué)從事研究工作，先后擔(dān)任博士后研究員以及副研究科學(xué)家（Associate Research Scientist）。2023年8月加入東南大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，擔(dān)任研究員（正高級(jí)職稱(chēng)），并獲聘江蘇省特聘教授。

研究方向：轉(zhuǎn)錄調(diào)控的分子機(jī)制，以及轉(zhuǎn)錄在發(fā)育和進(jìn)化過(guò)程中的作用

方向1：每個(gè)細(xì)胞都必須精確調(diào)控它們的基因表達(dá)，而轉(zhuǎn)錄被普遍認(rèn)為是基因表達(dá)過(guò)程中最重要的調(diào)控節(jié)點(diǎn)。本課題組以果蠅Hox家族轉(zhuǎn)錄因子為模型，融合前沿的全基因組系統(tǒng)生物學(xué)，以及經(jīng)典的分子遺傳和發(fā)育生物學(xué)等手段，揭示細(xì)胞特異性轉(zhuǎn)錄調(diào)控的詳細(xì)分子機(jī)理。

方向2：在漫長(zhǎng)進(jìn)化過(guò)程中，全新身體結(jié)構(gòu)時(shí)常出現(xiàn)，例如哺乳動(dòng)物的胎盤(pán)以及昆蟲(chóng)的翅。此類(lèi)全新結(jié)構(gòu)往往賦予物種極大生存優(yōu)勢(shì)。全新身體結(jié)構(gòu)最初如何進(jìn)化出來(lái)，是目前進(jìn)化發(fā)育（EvoDevo）領(lǐng)域最重要的未解之謎之一。目前證據(jù)指向轉(zhuǎn)錄調(diào)控在這一過(guò)程中作用重大。本課題組以昆蟲(chóng)的翅為模型，充分利用在轉(zhuǎn)錄領(lǐng)域的專(zhuān)長(zhǎng)，探索全新身體結(jié)構(gòu)如何從無(wú)到有進(jìn)化出來(lái)。

方向3：新技術(shù)對(duì)于科學(xué)研究的促進(jìn)作用不言而喻，本課題組致力于開(kāi)發(fā)新的基因組學(xué)和分子生物學(xué)技術(shù)以達(dá)成現(xiàn)有方法難以實(shí)現(xiàn)的研究目標(biāo)。課題組最近利用SpyTag和SpyCatcher之間的蛋白質(zhì)共價(jià)相互作用，成功獲取細(xì)胞特異性蛋白-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)。今后，課題組將繼續(xù)利用蛋白共價(jià)相互作用實(shí)現(xiàn)對(duì)于體內(nèi)組織的多維度細(xì)胞特異性表征。

近期代表作：

Siqian Feng# and Richard. S Mann#. Scarless modification of the Drosophila genome near any mapped attP sites. Current Protocols. 3(8):e855 (2023). #兼通訊作者

Siqian Feng, Chaitanya Rastogi, Ryan E. Loker, William J. Glassford, H. Tomas Rube, Harmen J. Bussemaker, and Richard S. Mann. Transcription factor paralogs orchestrate alternative gene regulatory networks by context-dependent cooperation with multiple cofactors. Nature Communications. 13(1):3808 (2022).

Siqian Feng# and Richard S. Mann#. SpyChIP identifies cell type-specific transcription factor occupancy from complex tissues. PNAS, 119(25): e2122900119 (2022).#兼通訊作者

H. Tomas Rube, Chaitanya Rastogi, Siqian Feng, Judith F. Kribelbauer, Allyson Li, Basheer Becerra, Lucas A. N. Melo, Bach Viet Do, Xiaoting Li, Hammaad H. Adam, Neel H. Shah, Richard S. Mann, and Harmen J. Bussemaker. Probing molecular specificity with deep sequencing and biophysically interpretable machine learning. Nature Biotechnology. 40(10):1520-1527 (2022).

Siqian Feng#, Shan Lu, Wesley B. Grueber and Richard S. Mann#. Scarless engineering of the Drosophila genome near any site-specific integration site. Genetics. 217(3), iyab012 (2021). #兼通訊作者。

Judith F. Kribelbauer, Ryan E. Loker, Siqian Feng, Chaitanya Rastogi, Namiko Abe, H. Tomas Rube, Harmen J. Bussemaker and Richard S. Mann. Context-Dependent Gene Regulation by Homeodomain Transcription Factor Complexes Revealed by Shape-Readout Deficient Proteins. Molecular Cell. 78(1):152-167.e11 (2020). 

Siqian Feng, Steffi Thomas and Jian Wang. Diverse tumor pathology due to distinctive patterns of JAK/STAT pathway activation caused by different Drosophila polyhomeotic alleles. Genetics. 190(1):279-82 (2012).

Siqian Feng*, Jianhua Huang* and Jian Wang. Loss of the Polycomb group gene polyhomeotic induces non-autonomous cell proliferation. EMBO Reports. 12(2):157-63 (2011).